En Cisjordanie et à Gaza, la charia est la source principale de la législation. En juin 2007, le gouvernement unifié s’est effondré quand le mouvement islamique militant du Hamas a pris le pouvoir dans la bande de Gaza. Cette instabilité a entraîné une aggravation de la violence contre les chrétiens, les militants devenant plus hardis pour harceler les chrétiens d’origine musulmane. On a obligé deux d’entre eux à s’enfuir en Jordanie. Plusieurs chrétiens ont été emprisonnés, interrogés et battus. Un grand nombre de personnes de la communauté chrétienne ont choisi de quitter le pays.

Depuis le meurtre de Rami Ayyad, qui tenait une librairie chrétienne à Gaza, largement condamné par le parlement européen, et les menaces de mort de militants islamiques, plusieurs familles chrétiennes ont été évacuées de la ville, et ne savent plus que faire. Un habitant témoigne :

« 70 % des chrétiens veulent quitter Gaza parce qu’ils ont vraiment très peur. Mais nous aimons Gaza, c’est là où nous avons nos racines, nos maisons. »

Beaucoup ont déjà fui ou cherchent à émigrer à cause de la détérioration générale des conditions de vie, lié aux assaut d'Israël et à la situation de guerre : coupures d’électricité, manque de vivres et de médicaments. Hanna Massad , le pasteur de l’église baptiste de Gaza, a déjà dû quitter les lieux. Il a essayé plusieurs fois d’aller dans son église pour prêcher mais il a été refoulé à la frontière. Les membres de l’église sont confrontés à des menaces croissantes.

On compte 3000 chrétiens pour un million de musulmans en Palestine, selon la chaine Arte.